O regime instituído após a movimentação militar, iniciado em março de 1964, acabou ultrapassando limites imaginados por algumas de suas lideranças. Os líderes civis imaginaram uma rápida intervenção militar que garantiria a derrubada de João Goulart e a inviabilização da república sindical que acreditavam estar em construção no País. A devolução do poder aos civis, entretanto, acabou retardada por 21 anos, nos quais aconteceram constantes intervenções do Executivo no Legislativo e no Judiciário.
Por três vezes, o Congresso teve suas atividades suspensas. A primeira pelo AI-2, em 27 de outubro de 1965; a segunda pelo AI-5, em 13 de dezembro de 1968; e a terceira em 1977 pelo General Ernesto Geisel. No total, 173 deputados e 8 senadores foram cassados pela ditadura. A manutenção de eleições periódicas, portanto, não garantiu uma verdadeira ordem democrática.
A Constituição foi refeita em 1967, novamente sob influência de Francisco Campos. Foi aprovada formalmente pelo Congresso, que não pode alterar o texto. Em 1969, uma emenda constitucional foi imposta pela junta militar que substituiu temporariamente o presidente Costa e Silva, então enfermo, concentrando ainda mais poderes no Executivo. Para muitos autores, essa emenda é considerada uma nova Constituição, que continuou vigendo, com poucas modificações, até 1988.
Durante o período, o Congresso foi peça central da resistência democrática contra ditadura.
As regras eleitorais foram modificadas em momentos em que a oposição parecia crescer. As eleições para os Executivos nacional e estaduais passaram a ser indiretas, estritamente controladas, o que não impediu vitórias ocasionais do MDB.
Ao mesmo tempo, projetos antigos de origem tenentista — vários dos generais e lideranças civis do pós-1964 tinham sido jovens tenentes na década de 1920 — foram retomados pelos militares, determinando a modernização econômica pela via autoritária, com forte estatização, mas sem abrir espaço para as esquerdas, duramente perseguidas no período. Inicialmente o planejamento econômico foi bem-sucedido, com o país se industrializando e modernizando sua infraestrutura em ritmo acelerado, época apelidada de “Milagre Econômico”. Mudanças na conjuntura internacional, relacionadas à produção de petróleo, entretanto, inverteram o ciclo, determinando um período recessivo a partir de meados da década de 1970, que afetou todas as camadas da população e enfraqueceu o apoio ao governo. O reflexo foi o crescimento do MDB nas eleições legislativas. A proximidade de novo período eleitoral, no qual estava prevista a renovação de dois terços do Senado, precipitou nova intervenção que impediu que o MDB dominasse a Casa. O Congresso foi suspenso em abril de 1977, e o Senado foi modificado, de forma que metade das vagas em disputa passassem a ser escolhidas de forma indireta por colégios eleitorais estaduais, ainda dominados, em sua maioria, pela ARENA, e apenas a outra metade fosse objeto de votação popular. Com esse artifício, o regime manteve o domínio sobre as duas casas legislativas, adiando o fim do período de exceção.
